داستان انیمیشن نگهبانان: قسمت دوم در ادامه جستجو و انتقام گرفتن از مسببان کشته شدن عضو فراموش نشدنی گروه ادامه پیدا می‌کند و افراد تمام تلاش خود را برای آن می‌کنند و امیدوار هستند که بتوانند آنان را پیدا کنند و به سزای اعمال‌شان برسانند و...